Tonga ist nicht speziell für seine Flora und Fauna bekannt, jedoch hat das Königreich als erster Staat im Südpazifik Nationalparks eingerichtet. Dieser Schutz gilt vor allem für die vielen Korallenriffen nördlich der Hauptinsel Tongatapu.
Vor allem die über 100 Arten tropischer Fische machen das Schnorcheln in Tonga zum außerordentlichen Vergnügen. Außerdem kann man im Winter Wale teilweise direkt vom Strand aus beobachten.
Interessant sind neben den Meerestieren nur noch einige Papageienarten (nur auf den Niuas) und die fliegenden Füchse auf Tongatapu.